Ο οικονομικός και διαχειριστικός έλεγχος του Κ.Τ.Ε. γίνεται από ορκωτούς λογιστές που ορίζονται με απόφαση του Ε.Γ.Σ.. Ο τακτικός έλεγχος της οικονομικής διαχείρισης του Κ.Τ.Ε .γίνεται κάθε χρόνο και οι δαπάνες του ελέγχου βαρύνουν το Κ.Τ.Ε..Ο έλεγχος των δαπανών ενεργείται με βάση τα πρωτότυπα δικαιολογητικά, δηλαδή τα σχετικά τιμολόγια και αποδείξεις των προμηθευτών ή τα δελτία παροχής υπηρεσιών. Το διαχειριστικό έτος του Κ.Τ.Ε. συμπίπτει με το ημερολογιακό έτος.
Το Κ.Τ.Ε. απαλλάσσεται από την καταβολή δασμών, φόρων και τελών οποιασδήποτε φύσης για τα εισαγόμενα από αυτό ερευνητικά όργανα, εξαρτήματά τους ή άλλα υλικά εξοπλισμού που είναι αναγκαία για την εκπλήρωση του προορισμού του, κατά το άρθρο 23 παρ. 4 του Ν. 1514/1985. Τα έσοδα του Κ.Τ.Ε., από οποιαδήποτε πηγή και αν προέρχονται, κατατίθενται σε ιδιαίτερο λογαριασμό Τραπέζης.
Τα έσοδα του ΚΤΕ προέρχονται από την εκτέλεση ερευνητικών έργων, την παροχή εξειδικευμένων υπηρεσιών, από ειδικές χρηματοδοτήσεις ιδιωτών, από ταμεία της Ευρωπαϊκής Ένωσης κι άλλους Διεθνείς Οργανισμούς ή δημόσιες επιχειρήσεις, από την εκμετάλλευση διπλωμάτων ευρεσιτεχνίας και γενικά από αμοιβές εκμετάλλευσης πνευματικής ιδιοκτησίας κι από επιχορηγήσεις Υπουργείων με τους όρους και τις διαδικασίες που προβλέπονται στις εκάστοτε ισχύουσες διατάξεις.
• Τεχνολογίας Προηγμένης Βιομηχανικής Παραγωγής, με έδρα την Κοζάνη
• Τεχνολογίας Νέων Υλικών, με έδρα την Κοζάνη
• Επεξεργασίας Πληροφορίας, με έδρα την Κοζάνη
• Ελέγχου και Προστασίας Περιβάλλοντος, με έδρα την Κοζάνη
• Τεχνολογίας Λιγνίτη, με έδρα την Πτολεμαίδα
• Τεχνολογίας Γούνας και δέρματος, με έδρα την Καστοριά
• Τεχνολογίας Ξύλου, με έδρα τα Γρεβενά
• Τεχνολογίας Γεωργίας - Κτηνοτροφίας, με έδρα την Φλώρινα
Στο Κ.Τ.Ε. Δυτικής Μακεδονίας λειτουργούν σήμερα οκτώ ερευνητικοί τομείς που καλύπτουν το σύνολο της παραγωγικού ενδιαφέροντος της Περιφέρειας Δυτικής Μακεδονίας, συμβάλλοντας έτσι στην τεχνολογικής κι επιχειρηματικής ανάπτυξης της ευρύτερης περιοχής της Δυτικής Μακεδονίας.